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En los Estados Unidos de Colombia, el gobierno nacional se dividió en los poderes legislativo, ejecutivo y judicial. El poder legislativo lo constituyó el congreso, subdividido en cámara de representantes y senado. A este último cada uno de los nueve estados soberanos designaba tres delegados, en tanto que la cámara de representantes estaba compuesta de funcionarios procedentes de elecciones generales, contando con un miembro por cada 50.000 habitantes.
El presidente elegido por un período de dos años se encontraba a la cabeza del poder ejecutivo, y para resultar elegido, se requería la mayoría absoluta de los nueve votos representativos de los estados. Al efecto, cada estado votaría por el candidato que hubiera obtenido la relativa mayoría de votos, en las votaciones dentro del estado convocadas para tal fin.
A finales de 1859, el general Tomás Cipriano de Mosquera declaró la secesión del Estado Soberano del Cauca y a la vez la guerra al gobierno de la Confederación Granadina, con el propósito de acrecentar el poderío caucano dentro de la confederación. El 18 de julio de 1861 Mosquera tomó Bogotá y se declaró presidente provisorio de la nación; uno de sus primeros actos fue renombrar el país «Estados Unidos de Nueva Granada», denominación de carácter efímero ya que Mosquera en noviembre del mismo año lo volvió a cambiar a «Estados Unidos de Colombia».
En 1863, luego de que llegara a su término la guerra civil, se reunió en Rionegro (Antioquia) una convención de corte radical que redactó la Constitución de Rionegro3 con la cual se implementó de forma permanente el federalismo en Colombia. Esta constitución daba una amplia autonomía a los Estados y redujo el poder del gobierno central.
país fue oficialmente llamado «Estados Unidos de Colombia» el 3 de febrero de 1863 por la Constitución de Rionegro, la cual fue promulgada el 8 de mayo por liberales, quienes habían acabado de ganar la guerra civil de 1860 a 1862.
Estados Unidos de Colombia fue un estado federal que comprendía el territorio de las actuales repúblicas de Colombia y Panamá en su totalidad y porciones de Brasil y Perú. Sucedió a la Confederación Granadina en 1861 —acción que fue confirmada con la constitución de 1863— dotando al país de un sistema político federalista y liberal que inicio las dos décadas conocidas como la era del Olimpo Radical.