La trama de la serie gira en torno a un hombre llamado Michael Scofield, que en un elaborado plan para rescatar a su hermano Lincoln Burrows, entra a "Fox River" una penitenciaría de máxima seguridad cerca de Chicago, para sacar a su hermano acusado por un falso asesinato del hermano de la vicepresidenta.
TEMPORADAS
Quinta temporada
Siete años más tarde, gracias a la información proporcionada por T-Bag, Lincoln y Sara descubren que Michael sigue vivo en una prisión de Yemen, usando el nombre de Kaniel Outis. Lincoln debe encontrar a Michael, y sacarlo de dicha cárcel. Tras el peligroso escape, se adjuntan más problemas, y ahora deben salir también del país a como de lugar.
Cuarta temporada
La temporada empieza cuando Michael quiere vengar la "muerte" de Sara.
Durante la primera mitad de esta temporada el equipo liderado por Mike debe hacerse con las seis tarjetas de Scylla, vitales para derrotar a la Compañía. El grupo está configurado por la Dra. Sara Tancredi, Michael Scofield, Lincoln Burrows, Fernando Sucre, Brad Bellick y Alexander Mahone. Todos ellos están bajo el control de su superior, el agente Donald Self. Para el sexteto, el hacerse con las tarjetas de Scylla es la única manera de liberar sus cargos, y ser libres una vez acabada la misión.
Tercera temporada
Es la continuación del final de la segunda temporada, donde la mayor parte de los personajes principales terminan en Panamá. Lincoln es exonerado de sus presuntos crímenes, mientras Michael es encarcelado por cargos de homicidio en la Penitenciaría Federal de Sona, junto con Mahone, T-Bag y Bellick. Michael se ve obligado a escapar de prisión nuevamente, coaccionado por la Compañía para que se fugue y entregue a James Whistler, a cambio de la liberación de LJ y Sara.
Segunda temporada
Es una continuación directa de la fuga de prisión ocurrida al final de la primera temporada. La primera mitad de la temporada gira en torno del viaje de los fugados hacia su familia, el dinero de uno de los presos fallecidos y el plan de Michael para escapar del país. La segunda mitad se centra en la trama de conspiración de la serie. La temporada se extiende por aproximadamente tres semanas de vida de los personajes.
Primera temporada
Lincoln Burrows Lincoln es sentenciado a muerte y enviado a la Penitenciaría Estatal Fox River tras ser acusado de ser el autor de un crimen que él dice no haber cometido: asesinar al hermano de la vicepresidenta de los Estados Unidos. Michael Scofield, el hermano menor de Lincoln, está convencido de la inocencia de su hermano y elabora un plan de escape de la prisión. Michael roba un banco a mano armada para que lo encarcelen en Fox River. Dentro de la cárcel debe llevar a cabo su plan, pero debe superar obstáculos, sobrevivir en prisión y aliarse con otros presos para poder escapar con su hermano de la prisión antes de su fecha de ejecución.
